在逃亡期间，他依然坚持刻苦读书，竟在读书人的圈子里，混出不小的名声。建文二年，朱允炆召集儒生撰写《太祖实录》，三十六岁的杨士奇被人保举为编撰，成功上岸洗白。更神奇的是，他因为在编撰工作中，表现出的学养和负责，得到了此书主编方孝孺的赏识，居然一举成为了《太祖实录》的副总裁！
到了永乐朝，杨士奇真正得到了重用，他与解缙等人，一起被任命为大明首任内阁的七名大学士之一，自此之后，成为朝廷的重臣，永乐皇帝的心腹！
虽然朱棣处处奉行祖制，但这位大帝本质上，其实是个实用主义者，他奉行两条原则，当祖制符合自己的利益时，那么遵守之。若是不符合时，就装傻充愣，想怎么搞就怎么搞，比如内阁。
朱元璋在胡惟庸案后，宣布永远废除丞相之位。并留下祖训，后世子孙不得复立宰相，大臣有敢建言者，重处之。这样一来，国家大权尽数归于皇帝一人之手，皇帝的威权空前巨大，当然皇帝的负担也变得空前繁重。
比如洪武十七年九月十四日到二十一日，八天之中，全国共有一千一百六十件各种文书报告送到朱元璋案头，其中涉及各类事项三千三百九十一件。平均计算，朱元璋每天要看二十万字的奏章，处理四百二十三件国事。即便十二个时辰不吃不睡，一个小时也要阅读八千字以上，并在二十多件国事上做出决断。也只有朱元璋这种体力、智力、精力、能力都超群绝伦，又无限热爱自己工作的人，才能坚持下来。